Управління Гарвардським університетом здійснюється Президентом університету та двома Радами:

- Радою коледжу «Fellows of Harvard College», яка також відома як корпорація «Harvard Corporation», що заснована в 1650 р;
- Наглядовою радою «Harvard Board of Overseers».

Президент Гарвардського університету займається економічними, фінансовими питаннями та поточними справами університету. Він призначається корпорацією «Harvard Corporation» та підзвітній цій корпорації.

Гарвард в теперішній час має дев'ять факультетів, перелік яких у порядку їх створення наведений нижче:

1. Факультет мистецтв та наук та його підготовчий факультет і відділ технічних та прикладних наук, який бере участь в навчальному процесі (1636);
2. Гарвардський коледж (1636 р.);
3. Школа мистецтв та наук «Graduate School of Arts and Sciences» (створена в 1872 р.);
4. Відділення безперервної освіти «Harvard Division of Continuing Education», включаючи Школу додаткового навчання «Harvard Extension School» (1909 р.) та літню школу «Harvard Summer School» (1871 р.);
5. Факультет медицини, який включає Медичну школу «Medical School» (1782 р.) та Стоматологічну школу «Harvard School of Dental Medicine» (1867 р.);
6. Школа богослов'я «Harvard Divinity School» (1816 р.);
7. Юридична школа «Harvard Law School» (1817 р.);
8. Бізнес-школа «Harvard Business School» (1908 р.);
9. Школа проектування «Graduate School of Design» (1914 р.);
10. Школа освітнього навчання «Graduate School of Education» (1920 р.);
11 Школа охорони здоров'я «School of Public Health» (1922 р.);
12. Школа керівництва «The John F. Kennedy School of Government» (1936 р.).